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Le Mali a été confronté à deux coups d'État militaires entre août 2020 et mai 2021, sur fond de troubles persistants au cours de la dernière décennie en raison du terrorisme et de l'échec de l'ex-président Ibrahim Boubacar Keita à apaiser la situation. Le pays est entré dans une transition militaire. Des violations massives des droits humains ont eu lieu, principalement dans le nord du Mali. Les meurtres de civils dans le cadre de violences inter-communautaires ont augmenté. La situation sécuritaire est critique, des groupes armés menant des attaques meurtrières contre des civils, y compris des enfants. Les forces de sécurité maliennes ont également commis des centaines d'exécutions extrajudiciaires, alors que de nombreux rapports parlent de torture et de mauvais traitements.
Bien que la Cour pénale internationale ait confirmé en 2019 les charges de crimes de guerre et de crimes contre l'humanité, notamment de torture, de viol, de mariage forcé et d'esclavage sexuel contre des membres de groupes armés, peu de procès ont eu lieu au niveau national, et les condamnations ont été encore plus rares. De nombreuses procédures judiciaires engagées il y a des années contre des membres de groupes armés pour violences sexuelles en sont encore au stade de l'enquête.
L'OMCT est particulièrement préoccupée par les violences faites aux femmes dans le pays, qu'elles soient perpétrées dans la famille, dans la communauté ou par des agents publics. La situation des migrants en transit dans le nord du Mali est également préoccupante, car ils sont victimes de torture et de mauvais traitements sur leur route vers la Libye et l'Europe.