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Le pays a basculé dans la violence en 2015, après l’annonce par Pierre Nkurunziza de son intention de se présenter une nouvelle fois aux élections présidentielles. Les pouvoirs publics mènent une sévère répression contre les défenseur·e·s des droits humains et les organisations de la société civile à l’origine de manifestations pacifiques. La Commission d’enquête de l’ONU sur le Burundi a recueilli des informations sur de nombreux cas de torture, et plus généralement de mauvais traitements, d’exécutions extrajudiciaires et de violences sexuelles dont ont été victimes des civils. Le gouvernement a fait appel au mouvement de jeunesse du parti au pouvoir, ainsi qu’à des membres du Service national de renseignement (SNR) et de la police, pour perpétrer l’essentiel des graves violations des droits humains relevées. Face à cette situation, la Cour pénale internationale a ouvert une enquête. De nombreux civils et membres dirigeants de la société civile ont demandé l’asile dans les pays voisins, dont le Rwanda. Beaucoup d’autres ont fait l’objet de poursuites, de détentions arbitraires, de condamnations à de lourdes peines d’emprisonnement ou à de mesures de radiation du barreau.
L’OMCT s’efforce depuis 2016 de soutenir ACAT Burundi et SOS-Torture Burundi, deux associations membres du réseau SOS-Torture, dans leur action de suivi des graves atteintes aux droits humains commises dans le pays. L’OMCT apporte en outre directement un soutien juridique, médical, économique et psychosocial aux victimes de la torture. L’organisation a remis en 2016, en compagnie de ses deux partenaires membres, un rapport alternatif au Comité contre la torture. Trois juristes confirmés appartenant aux deux organisations membres ont rejoint en 2019 le Groupe chargé des procédures judiciaires en Afrique de SOS-Torture, qui s’occupe de porter les affaires de torture devant les organes de surveillance des traités internationaux.