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El conflicto armado de Perú, que se prolongó de 1980 a 2000, estuvo caracterizado por la comisión de violaciones masivas de derechos humanos, entre ellas desapariciones forzadas. Más de 20 años después, las autoridades continúan enjuiciando abusos cometidos por la fuerzas gubernamentales. El indulto concedido al presidente Alberto Fujimori tras ser condenado por crímenes de lesa humanidad se anuló en 2018 por orden judicial. Ese mismo año se presentaron también cargos contra él por su presunta implicación en las esterilizaciones forzadas de mujeres, en su mayoría pobres e indígenas, que se llevaron a cabo durante su presidencia.
A pesar de los avances en la lucha contra la impunidad, Perú tiene todavía muchas dificultades para mejorar su cumplimiento de la Convención contra la Tortura. La información disponible indica que son muchas las personas que han muerto o han resultado heridas como consecuencia de las medidas tomadas por las fuerzas de seguridad para responder a las protestas contra proyectos de minería y otras industrias extractivas que han tenido lugar en varias regiones del país. El Comité de la ONU contra la Tortura ha informado también de casos de mujeres transgénero sometidas a detención arbitraria y violencia sexual por miembros de la Policía Nacional, a lo que se suma el hecho de que a las personas transgénero se les siga negando el reconocimiento social y jurídico de su identidad de género. La violencia de género es también un problema importante en Perú, dado el aumento del número de casos de feminicidio, violencia de género en el ámbito familiar y violencia sexual. El acceso al aborto terapéutico sigue sin estar garantizado en los casos en que el embarazo es consecuencia de una violación o de incesto y en los casos de malformación grave del feto.
Es habitual en Perú el uso de la criminalización, el hostigamiento y el uso indebido del derecho penal para someter a los defensores y defensoras de los derechos humanos, particularmente en el caso de las personas que defienden pacíficamente sus derechos ancestrales y luchan por proteger el medio ambiente. Persiste una fuerte estigmatización contra las personas y organizaciones defensoras de los derechos humanos que suelen ser tachadas de "agitadoras", “enemigas del desarrollo” o "defensoras de los terroristas".